Ở các trường đại học của Nhật Bản đều đang áp dụng chế độ bảo hiểm sức khỏe quốc gia đối với du học sinh đang học tại trường. Chế độ bảo hiểm sức khỏe quốc gia có nghĩa là khi bị bệnh hoặc bị thương phải điều trị ở các cơ sở y tế sẽ chỉ phải chịu 20- 30% chi phí trị liệu trong tổng số chi phí ( tuy nhiên những chi phí chữa trị đặc biệt thì bản thân phải chi trả). Đây có thể coi là chế độ giúp du học sinh giảm thiệu sự ảnh hưởng chi phí khám chữa bệnh phát sinh tới cuộc sống sinh hoạt. Để có thể nhận được chế độ này, du học sinh cần phải tham gia bảo hiểm sức khỏe, phải đăng kí là người nước ngoài với các cơ quan. Ở mỗi khu vực hoặc mỗi hoàn cảnh có sự khác nhau nhưng nhìn chung mỗi năm phải trả khoảng 2000 yên phí bảo hiểm. Theo kết quả điều tra của hiệp hội giáo dục quốc tế Nhật Bản có khoảng 93% du học sinh tham gia bảo hiểm và tỷ lệ tham gia cũng tăng dần.
Hơn nữa, chế độ bảo hiểm cũng là chế độ giúp giảm gánh nặng về tiền đối với du học sinh. Với chế độ hỗ trợ phí chữa trị mà hiệp hội giáo dục quốc tế Nhật Bản, du học sinh đã đăng kí chế độ này có thể nhận được hỗ trợ tới 80% phí chữa trị tại các cơ quan y tế. Vì thế, nếu nhận được lợi ích từ 2 chế độ, bạn sẽ phải trả số tiền trị liệu không quá 4-6% và gần như sẽ giảm thiểu lo lắng của các bạn về vấn đề kinh tế trong trường hợp bị bệnh hoặc tai nạn. Những học sinh đang du học tại Nhật Bản chắc chắn sẽ cần tham gia bảo hiểm y tế và đăng kí chế độ hỗ trợ phí điều trị
( Không áp dụng chế độ hỗ trợ phí điều trị đối với học sinh đang đi học) Ngoài ra, việc kiểm tra sức khỏe định kì, chẩn đoán bệnh tại các trung tâm y tế ở các trường đại học cũng rất quan trọng. Hơn nữa, không phải chỉ những tai nạn thân thể mà sức khỏe về mặt tinh thần cũng rất quan trọng nên phần lớn các trường đều có các trung tâm tư vấn nơi đang tư vấn cho các bạn các vấn đề liên quan đến sinh hoạt hoặc những vấn đề tinh thần mà các bạn đang lo lắng.
